Jacques Magnet a poursuivi, simultanément, une carrière de magistrat à la Cour des comptes, dont il préside maintenant l'une des chambres, et une carrière d'enseignant, notamment à l'Institut d'études politiques de Paris, à l'École nationale d'administration, et dans plusieurs universités. Il est l'auteur de nombreux ouvrages ou articles, traitant du droit budgétaire et de la comptabilité publique et des institutions de contrôle financier, en France et à l'étranger.