Jean-François Charles naît en Belgique en 1952. Il poursuit ses études à l'Académie des Beaux-Arts de Bruxelles et commence par dessiner des caricatures. Il collabore notamment à "La Libre Belgique" et la "Nouvelle Gazette" sous le pseudonyme de Bof.

En 1975, il travaille pour le magazine "Spirou" puis aux éditions Averbode où il illustre plusieurs revues destinées aux enfants. En 1978, il rencontre le scénariste Jan Bucquoy avec lequel il travaille sur Le Bal du Rat Mort qui sort chez Michel Deligne en 1980.

Puis toujours chez Deligne, en 1982 et 1984, il publie Le Pilori et Le Grand Dérangement, les deux premiers épisodes des Pionniers du Nouveau Monde co-scénarisés par son épouse. Les épisodes suivants seront publiés dans le magazine "Vécu" édité par Glénat. À partir du tome 7, le dessin des Pionniers du Nouveau Monde est confié à Ersel.

À nouveau chez Glénat, Jean-François Charles dessine Sagamore, un conte philosophique co-scénarisé par son épouse, Maryse. Puis, en 1991, chez le même éditeur, il entame une nouvelle série intitulée Fox, scénarisée par Jean Dufaux.

En 2001, il signe Le Météore, tome 3 du Décalogue scénarisé par Frank Giroud et publie la même année Esquisses & Toiles, un ouvrage qui regroupe plus d'une centaine de dessins et croquis inédits sur des textes de Paul Herman. Toujours en 2001, il signe India Dreams chez Casterman scénarisé par Maryse Charles, et en 2007, War and Dreams chez le même éditeur.

En 2010, il revient au dessin avec la saga Ella Mahé, qu'il scénarise également avec son épouse Maryse Charles.