Journaliste professionnel depuis 1982, Jean-François Perret est né en 1959 à Mandeure, dans le Doubs, en Franche-Comté. Il a débuté sa carrière à Decize, dans la Nièvre, en Bourgogne, comme correspondant local du quotidien régional La Montagne (Groupe Centre-France). Il était journaliste en Ardèche lorsque la grotte Chauvet a été découverte.